如果你用的是普通空间的话，有的支持子目录绑定的就可以做
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把两个程序放到两个目录下面，安装的时候数据库的前缀区分一下就可以
直接增加栏目，然后栏目绑定域名，就OK了
各个栏目用相应的数据表
这样就可以实现和达到你想要的效果了！
好久没用帝国了，我记得帝国CMS是可以用域名绑定栏目的吧，你可以把一个栏目当一个网站来做，栏目模板当成首页模板来做，二级栏目做为一级栏目做，反正帝国CMS的栏目是无限分级的，这个思路应该可以满足你吧？